【项目动态】博奥晶典Xenium 5K实测数据精美展示
Xenium 具有亚细胞分辨率、高灵敏度和高通量特点,无需测序直接绘制和量化百万级细胞亿级 RNA 空间分布,可在同一组织切片中检测 RNA 和蛋白,兼容多种组织类型(如新鲜冷冻(FF)、福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)、组织芯片(TMA)、类器官等),在亚细胞水平上还原组织微环境形态结构,为病理结构和细胞功能研究提供新见解。
Xenium Prime 5K panel(人、小鼠)包含 5000 个特征基因,来自于不同组织类型的单细胞数据集,筛选自>750000 篇文献,涵盖 100+ 药物靶点、2500+ 信号通路基因、细胞类型 marker、细胞间通讯 Marker 等基因,使得其在细胞类型鉴定、信号通路研究、生物标志物筛选和细胞互作的探索达到了全新的顶尖水平。
Xenium 芯片捕获区域达到了 10.5×22.5mm,满足大组织需求同时,可在一张玻片检测多张组织切片(要求相同 Panel,物种,样本类型),此次展示的均是拼样中的单个样本结果。
01高通量高灵敏度的数据质控
图1 人肿瘤 FFPE 样本(上)和小鼠肿瘤 FF 样本(下)质控数据
02高密度转录本分布
图2 人肿瘤 FFPE 样本(左)和小鼠肿瘤FF样本(右)20μm bin 转录本密度分布图
03亚细胞分辨率精准细胞分割
Xenium 5K Panel 下人肿瘤 FFPE 样本的单细胞分割
Xenium 5K Panel 下小鼠肿瘤FF样本的单细胞分割
04捕获区数十万单细胞分群与空间定位
图3 人肿瘤 FFPE 样本(左)分群定位图
图4 小鼠肿瘤 FF 样本分群定位图
由实测项目数据可见,博奥晶典出炉的 Xenium 5K 数据实现了:高质量的数据质控、高密度的基因分布、精准的细胞分割和清晰的细胞定位分群。在此基础上,Xenium 5K 数据的发现功能得到了科学家们的高度认可,老师们正进一步深入挖掘 Xenium 5K 数据中的信息,解决实际的科学问题。