【项目动态】博奥晶典Xenium 5K实测数据精美展示

2024-10-29 阅读

Xenium 具有亚细胞分辨率、高灵敏度和高通量特点,无需测序直接绘制和量化百万级细胞亿级 RNA 空间分布,可在同一组织切片中检测 RNA 和蛋白,兼容多种组织类型(如新鲜冷冻(FF)、福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)、组织芯片(TMA)、类器官等),在亚细胞水平上还原组织微环境形态结构,为病理结构和细胞功能研究提供新见解。


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Xenium Prime 5K panel(人、小鼠)包含 5000 个特征基因,来自于不同组织类型的单细胞数据集,筛选自>750000 篇文献,涵盖 100+ 药物靶点、2500+ 信号通路基因、细胞类型 marker、细胞间通讯 Marker 等基因,使得其在细胞类型鉴定、信号通路研究、生物标志物筛选和细胞互作的探索达到了全新的顶尖水平。


Xenium 芯片捕获区域达到了 10.5×22.5mm,满足大组织需求同时,可在一张玻片检测多张组织切片(要求相同 Panel,物种,样本类型),此次展示的均是拼样中的单个样本结果。


01高通量高灵敏度的数据质控


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图1 人肿瘤 FFPE 样本(上)和小鼠肿瘤 FF 样本(下)质控数据

02高密度转录本分布


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2 人肿瘤 FFPE 样本(左)和小鼠肿瘤FF样本(右)20μm bin 转录本密度分布图


03亚细胞分辨率精准细胞分割

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Xenium 5K Panel 下人肿瘤 FFPE 样本的单细胞分割


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Xenium 5K Panel 下小鼠肿瘤FF样本的单细胞分割


04捕获区数十万单细胞分群与空间定位


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图3 人肿瘤 FFPE 样本(左)分群定位图


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图4 小鼠肿瘤 FF 样本分群定位图


由实测项目数据可见,博奥晶典出炉的 Xenium 5K 数据实现了:高质量的数据质控、高密度的基因分布、精准的细胞分割和清晰的细胞定位分群。在此基础上,Xenium 5K 数据的发现功能得到了科学家们的高度认可,老师们正进一步深入挖掘 Xenium 5K 数据中的信息,解决实际的科学问题。



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